Bonjour,
Concernant ton arrêt de travail complet, comme tu n'as pas 1 an d'ancienneté, il n'y aura donc pas de maintien employeur (pas prévu par la convention). Tu percevras uniquement les IJ de la sécu durant tout ton arrêt.
Ensuite, pour une reprise partiel si elle t'es proposé, la mise en place d'un mi-temps thérapeutique n'a (presque) rien a voir avec l'ancienneté.
Il ne peut être mis en place qu’après un arrêt de travail total (ce qui va être ton cas) et être décidé par ton médecin ou le médecin du travail(pour mémoire, visite de reprise obligatoire si arret de plus de 30 jours), qui estimera sur quel base tu peux travailler (exemple 40% du temps de travail soit 14H par semaine).
Si ton employeur accepte la mise en place d'un mi temps thérapeutique (parce qu'il n'est pas obligé et peut le refuser sous prétexte d'organisation du travail notamment), le mieux est est de rédiger un avenant qui dit que pendant cette période de mi temps (qui est de maximum 12 mois), tu travailleras tel jour de tel heure à tel heure...
Parce qu'en mi temps thérapeutique, tu es à MI TEMPS et donc tes jours et horaires de travail sont clairement définies (exemple lundi 9h00 12h00, mardi 9h00 12h00, et jeudi 09h-12h et13h-18h).
(de même, plus de coef minorateur, en gros tu reprend une base de droit classique avec une heure travaillée payée).
Sur ton bulletin de paye, il te paye les heures effectuées (soit 14h semaine dans mon exemple)à ton taux horaire normal.
La sécu peut te faire un complément sous conditions (et c'est là qu'intervient ton ancienneté, donc prend conseille auprès de ta CPAM pour être sûr).
Tu retrouveras pas mal d'info ici :
http://www.editions-tissot.fr/actualite/droit-du-travail-article.aspx?secteur=PME&id_art=1082&titre=Le+mi-temps+th%C3%A9rapeutique+%3A+pour+accompagner+un+salari%C3%A9+dans+sa+gu%C3%A9rison
N'hésite pas à prendre conseil auprès de ton médecin du travail et de l'inspection du travail.
Bon courage, et bon rétablissement.